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冷凍干燥機分類從不同角度，具有不同分類方式冷凍乾燥機。
從冷凍干燥機角度講，即冷凍干燥機的自身分類，按照不同的標准分類方式如下：
冷凍干燥機按照規格的大小分為：台式冷凍干燥機、小型冷凍干燥機、中型冷凍干燥機和大型冷凍干燥機。
其中從擱板有效面積1～50m2已基本形成系列，冷凍乾燥機其關鍵部件均能通過國際采購方式從國內外購買。習慣上，我們將1～ 10m2的凍干機稱之為中型(生產型)凍干機；10～50 m2凍干機稱之為大型(生產型)凍干機。而1 m2以下(如0、4 m2或0、6 m2)凍干機稱之為實驗型凍干機。台式和小型主要是應用於實驗室，大中型主要是應用於工廠規模化生產等等。
按照式樣可分為：經濟型、普通型、壓蓋型和多歧管型冷凍乾燥機。其中經濟型和普通型主要是應用於一般的冷凍干燥，壓蓋型除了冷凍干燥外還具備真空包裝的性能，多歧管型具有冷凍速度快，使用方便的特點。
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